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欧亚鲈鱼基因组组装

在最近发表在科学杂志G3:Genes,Genomes,Genetics上的一项研究中,来自爱沙尼亚生命科学大学的研究人员与图尔库大学的同事合作组建了欧亚鲈(拉丁学名,Perca fluviatilis)基因组,这比基因组小三倍。人类基因组,但含有约十亿个核苷酸和超过23,000个基因。被调查的栖息地起源于Rapla县沼泽中部Loosalu湖的黑暗水域。研究结果使世界各地的科学家能够更好地了解自然选择对基因组的影响。

欧亚鲈鱼是爱沙尼亚和欧亚大陆非常常见的鱼类。它的栖息地从不列颠群岛到俄罗斯远东地区。该物种可以在极端环境条件下生存并成功繁殖。因此,我们可以在贫营养的清水湖,波罗的海的咸水和酸性黑水沼泽湖中找到栖息地,其他鱼类无法生存。然而,目前尚不清楚什么样的遗传机制有助于栖息地适应如此不同的生活条件。

鲈鱼是水体食物链中的重要环节。最近发现条纹鱼对湖泊的甲烷循环有很大影响。通过食物链的变化,鲈鱼可以减少几乎十倍的湖泊甲烷排放量。由于甲烷是比二氧化碳更有效的温室气体,因此鲈鱼在减少全球变暖方面起着重要作用。“这就是为什么特别重要的是要了解沼泽湖泊中鲈鱼的适应机制,其中氧气含量低(并且富含腐殖质),其中甲烷排放量最高,而鲈鱼通常是唯一的鱼类,”鱼类学家Anti说道。 Vasemägi,瑞典农业科学大学教授,爱沙尼亚生命科学大学高级研究员,领导该研究。

根据Vasemägi的说法,组装的基因组在爱沙尼亚和国际背景下都是一个重要的里程碑。“与以前研究过的鱼类相比,我们测序的基因组具有很高的价值,因为我们使用基于长DNA分子标记的创新方法并确定短DNA分子的序列,”Vasemägi描述道。该科学家说,应用的方法允许快速,相对便宜和精确地对大型基因组进行测序,在此期间将基因组匹配的极其困难的任务分成数百万个较小的谜题。因此,最终可以进行涵盖不同鱼类全基因组的研究。Vasemägi补充说,掌握基因组大小的最简单方法是将其测量值可理解地转换为人类。

更重要的是,栖息地是一种重要的商业开发鱼类,也是休闲渔民中非常受欢迎的目标。由于其美味,其农业已在欧洲的许多地方开始。“对鲈鱼基因组进行测序使科学家能够绘制影响鱼类生长速度,达到性成熟的时间,抗病能力和其他重要水产养殖特征的基因组区域,”水产养殖主席Riho Gross教授解释说。在爱沙尼亚生命科学大学。序列鲈鱼基因组将简化北美洲的类似研究,其中我们的栖息地的近亲,黄鲈(拉丁名Perca flavescens)很普遍。

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